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TRIzol影响实验结果?miRNA文章被撤回

TRIzol影响实验结果?miRNA文章被撤回

      韩国首尔大学的科学家Narry Kim(金娜蕊)及其研究小组近日撤回了一篇关于microRNA(miRNA)衰减的文章,因为她们发现,所用的TRIzol试剂会对富含GC的miRNA或具二级结构的miRNA产生不同影响。

这篇文章去年发表于《Molecular Cell》杂志上。研究人员发现,一旦细胞粘附性丧失,某些miRNA迅速降解。当他们以低密度培养细胞或用胰酶或EGTA解离细胞时,细胞内成熟miR-141表达水平显著下降,而来自同一个转录本(pri-miR-200c~141)的miR-200c不受影响。当细胞解离时,放线菌素D对转录的阻断导致miR-141的迅速耗尽,半衰期不到1小时,从而表明miR-141是通过高速衰减而导致表达水平发生迅速改变的。在进一步的研究中,研究人员通过其他的miRNA包括miR-200a, miR-34a, miR-29b, miR-301a, 和 miR-21再次验证了这一调控机制。(详细报道请看:http://www.ebiotrade.com/newsf/2011-9/2011926123556850.htm)
然而,Narry Kim研究小组近日撤回了该文章。她们在撤回声明中写道:“基于我们的结果,我们认为,一些miRNA会根据细胞的粘附状态而选择性丧失稳定性。然而,在后续研究中,我们发现,低GC含量的miRNA(如miR-141、miR-29b、miR-21、miR-106b、miR-15a和miR-34a)会在样品制备阶段选择性丢失,而不是在细胞中降解。”
此外,Kim及她的同事还发表了新的数据,将TRIzol RNA分离方法与另一种不太常用的mirVana方法进行了比较,应用在高密度和低密度细胞样品上。利用TRIzol,她们发现,低密度培养物中的miR-141水平低于高密度培养物。然而,利用mirVana方法,两者只有轻微的差异。
作者认为,两个操作步骤的数据不一致提出了一个严重的问题,即某些miRNA可能在RNA制备过程中丢失,这取决于选择的操作步骤。


Kim谈道:“科学家不可避免地会承认一些假设,而它们后来被证明是错误的。我们也存在一些技术限制,而在研究的时候未被发现。因此,得出错误的结论有时是不可避免的。最重要的是要诚实,一旦我们意识到,就要纠正错误。”
对于miRNA的分离,很多实验室都是使用TRIzol试剂。但从这篇文章的结论来看,TRIzol很可能会影响部分实验结果。吸取Narry Kim的教训,大家最好还是采用两种分离方法,来验证结果的可靠性。同时,希望Life Tech的研发部门好好研究一下,发布更为可靠的操作步骤。


原文
Retraction Notice to: Cell Adhesion-Dependent Control of MicroRNA Decay  
(Molecular Cell 43, 1005–1014; September 16, 2011)
In this paper, we reported that the levels of specific microRNAs (miRNAs) decrease when cells are grown at low density or when cells are detached from a culture dish. Based on our results, we proposed that some miRNAs are selectively destabilized depending on the adhesion status of the cells. However, in subsequent studies, we discovered that structured miRNAs with low GC content, such as miR-141, miR-29b, miR-21, miR-106b, miR-15a, and miR-34a, are selectively lost during sample preparation rather than degraded in the cell. The small RNA loss occurs when a small number of cells is used for RNA preparation using the standard TRIzol protocol (see Kim et al. [pp. 893–895] in this issue for details). These findings provide an alternative explanation for our original data. While the original data are all reproducible, we are retracting the paper because we feel the main conclusions have been compromised. We apologize for any inconvenience this may have caused.


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